Digantung keahlian UMNO

Lembaga Disiplin Umno menggantung keahliannya selama tiga tahun (24 Jun 2005 hingga 23 Jun 2008) berhubung amalan politik wang dalam Perhimpunan Agung UMNO 2004 selepas menangi jawatan naib presiden. Lembaga Disiplin UMNO dipengerusikan oleh Tan Sri Tengku Ahmad Rithauddeen Ismail. Beliau bersalah terhadap lima daripada sembilan pertuduhan politik wang .Antaranya membabitkan penganjuran pertemuan, mengadakan majlis makan dan memberi wang untuk membeli undi.Salim Shariff yang juga Ketua Pemuda UMNO Bahagian Jempol turut digantung keahlian selama sepenggal atau tiga tahun.[5].Semua jawatannya dalam parti, termasuk sebagai ketua Umno bahagian Teluk Kemang digantung. Pada 6 Julai 2005 , Majlis Tertinggi (MT) Umno menolak rayuan Isa Samad tapi mengurangkan hukuman penggantungan dari 6 tahun kepada 3 tahun sahaja. Pada 23 Jun 2008, Setiausaha Agung UMNO, Datuk SeriTengku Adnan Tengku Mansor menghantar surat kepada Isa Samad.

Kes Isa Samad ini berkait dengan kenyataan oleh Datuk Seri Rais Yatim tentang 18 orang yang akan ditahan untuk disiasat oleh Badan Pencegah Rasuah. Ketika itu Rais Yatim merupakan Menteri Kehakiman Malaysia.

Berikutan daripada digantung keahlian, Mohd Isa telah meletakkan jawatan sebagai Menteri Wilayah Persekutuan pada 17 Oktober 2005.[6]

Pengerusi Felda

Pada 27 Disember 2010, menurut kenyataan Pejabat Perdana Menteri, Tan Sri Mohd Isa Abdul Samad dilantik sebagai Pengerusi Lembaga Kemajuan Tanah Persekutuan (FELDA) berkuatkuasa pada 1 Januari 2011, menggantikan Tan Sri Dr Mohd Yusof Noor yang dilantik sebagai Penasihat kepada Menteri yang bertanggungjawab ke atas FELDA. [7]

Pada 20 Jun 2012, Mesyuarat Agung Tahunan Koperasi Permodalan Felda (KPF) ke-31 diadakan di Dewan Perdana Felda, Kuala Lumpur dengan kawalan ketat pihak polis. Isa Samad selaku Pengerusi Felda (kontrak sahaja) tidak akan hadir kerana perintah Mahkamah Tinggi Kuala Lumpur ekoran beliau bukan seorang peneroka, anak eneroka mahupun kakitangan Felda. Hakim Abang Iskandar Abang Hashim menjelaskan bahawa terdapat merit untuk membenarkan empat peneroka Felda mencabar keahlian Isa dalam KPF dan keahliannya dalam koperasi dibekukan.[8] Peguam Mohamed Hanipa Maidin dari Mohamed Hanifa & Associates mewakili pemohon Abdul Talib Ali, Abdul Mubin Abdul Rahman, Abdul Razak Mohammad dan Muhamad Noor Atan manakala Peguam Kanan Persekutuan Shamsul Bolhassan mewakili responden iaitu Panel Pertikaian Suruhanjaya Koperasi Malaysia (SKM), SKM, dan KPF. Pada 23 Mei 2012, panel rujukan pertikaian SKM, SKM telah mengesahkan keahlian Isa Samad walaupun mengakui bahawa perlantikan Isa itu salah di sisi undang-undang.

Mazlan Aliman dari Persatuan Anak Peneroka Felda Kebangsaan (ANAK) menentang usaha penyenaraian Felda Global Ventures Holdings Berhad (FGVH) di Bursa Malaysia. Penasihat ekonomi ANAK Dr Rosli Yaakop kecewa dengan Menteri Ismail Sabri Yaacob kerana mengenepikan undang-undang kecil dalam Akta Suruhanjaya Koperasi untuk mengecualikan individu tertentu daripada mematuhi kehendak undang-undang kecil KPF (5 Jun 2012).[9]

Kontroversi FGV

Isa Samad selaku Pengerusi Felda Global Ventures Holdings Bhg telah berlaku perlanggahan dengan Ketua Pengawai Eksekutif Datuk Zakaria Arshad. Isa Samad telah dipindahkan daripada FGV kepada SPAD.[10]